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Wissensbasierte Anmerkungen zielen darauf ab, einen umfassenden Überblick über Proteinexpressionsmustermuster in normalen menschlichen Geweben zu schaffen. Dies wird durch eine strenge Auswertung immunohistochemischer Färbungsmuster, RNA-seq-Daten aus internen und externen Quellen und verfügbaren Protein-/Gencharakterisierungsdaten mit besonderem Schwerpunkt auf RNA-Seq erreicht. Kommentierte Proteinexpressionsprofile werden mit einzelnen Antikörpern sowie unabhängigen Antikörpern (zwei oder mehr unabhängige Antikörper gegen verschiedene, nicht überlappende Epitope auf demselben Protein) durchgeführt. Bei unabhängigen Antikörpern werden die immunhistochemischen Daten aus allen verschiedenen Antikörpern berücksichtigt. Das immunhistochemische Färbungsmuster in normalen Geweben wird subjektiv nach strengen Richtlinien mit Anmerkungen benotet. Es basiert auf der erfahrenen Auswertung positiver immunhistochemischer Signale in den 76 analysierten normalen Zelltypen. Bei der Überprüfung werden auch suboptimale experimentelle Verfahren und interindividuelle Variationen berücksichtigt. Die endgültige annotierte Proteinexpression gilt als beste Schätzung und spiegelt als solche die wahrscheinlichste histologische Verteilung und den relativen Expressionsgrad für jedes Protein wider. Um ein Proteinexpressionsprofil zu aktivieren, ist eine oder mehrere der folgenden zusätzlichen Datenquellen erforderlich. i) ein unabhängiger Antikörper, der auf ein anderes Epitop desselben Proteins ii) RNA-seq-Daten abzielt, und iii) verfügbare Protein-/Gencharakterisierungsdaten. Das Ergebnis der wissensbasierten Anmerkung gilt als nicht schlüssig, wenn die zum Zeitpunkt der Analyse verfügbaren Informationen als nicht ausreichend für die Überprüfung des Färbemusters und eine Schätzung der erwarteten Proteinexpression bewertet werden. Die wissensbasierten Proteinexpressionsprofile werden anhand fester Richtlinien zur Auswertung und Darstellung der resultierenden Expressionsprofile durchgeführt.

Standardisierte erklärende Sätze werden bei Bedarf verwendet, um zusätzliche Informationen bereitzustellen, die für das vollständige Verständnis des Ausdrucksprofils erforderlich sind. Für jedes kommentierte Proteinexpressionsprofil wird basierend auf der Auswertung aller verfügbaren Daten ein Zuverlässigkeits-Score festgelegt, der als “Erweitert”, “Unterstützt”, “Genehmigt” oder “Unsicher” festgelegt ist. Der Human Protein Atlas enthält Bilder von histologischen Abschnitten aus normalen und Krebsgeweben, die durch Immunhistochemie gewonnen werden. Antikörper sind mit DAB (3,3`-Diaminobenzidin) gekennzeichnet und die resultierende braune Färbung zeigt an, wo ein Antikörper an sein entsprechendes Antigen gebunden ist. Der Abschnitt ist zudem mit Hämatoxylin gegengefärbt, um die Visualisierung mikroskopischer Merkmale zu ermöglichen. Gewebemikroarrays werden verwendet, um Antikörperfärbung in Proben von 144 Personen zu zeigen, die 44 verschiedenen normalen Gewebetypen entsprechen, und Proben von 216 Krebspatienten, die 20 verschiedenen Krebsarten entsprechen (Film über Gewebemikroarrayproduktion und immunhistochemische Färbung).